Hallo Christina,
ich versuche eine Beantwortung nach bestem Wissen und Gewissen

in zwei Bereichen:
1) Masterkolloquium: Hier würde ich mir in so einem Fall "nichts antun" und jedenfalls zum ersten Termin hingehen (ggf. vorher in Frau Faistauers Sprechstunde?) und auch entsprechend argumentieren, dass dir ja nichts mehr fehlt, was du noch durch Anwesenheit auf der Uni erledigen musst. Insbesondere, wenn du schon halbwegs oder gar sehr gut drinnen bist in der Masterarbeit: Lass dich nicht abwimmeln, es sitzen Erfahrungsberichten zufolge immer Leute im Masterkolloquium, die noch nicht alles andere abgeschlossen haben.
2) Was die fehlenden 3 ECTS betrifft: Wie du vielleicht z.B. bei Modul 5 schon selbst gesehen hast, werden diese als seperate Zusatzleistung eingetragen, d.h. es sollte meiner Ansicht nach rein technisch kein Problem sein, diese Zusatzleistung noch später einzutragen als die 3 ECTS für die "eigentliche" Lehrveranstaltung (bei mir war das z.B. so, weil beim Eintragen einer Seminarnote übersehen wurde, dass ich dieses SE für 6 ECTS absolviert hatte, d.h. die Zusatzleistung wurde ein paar Tage später nachgetragen).
D.h. am gangbarsten erscheint mir die Lösung, eine/n LV-Leiter/in anzuschreiben, bei der/dem du ein SE aus Modul 3 gemacht hast (und bei der/dem du dir vorstellen kannst, eine SE-Arbeit zu schreiben), deine Situation zu schildern und zu fragen, ob du die Leistung für 6 ECTS (üblicherweise eben eine zusätzliche oder verlängerte SE-Arbeit) noch nachreichen kannst.
Wenn ich in deiner Situation wäre, würde ich es dabei nach Möglichkeit zuerst bei jemandem versuchen, der/die fix am Institut angestellt ist (da die nicht fix angestellten "Externen" immer nur genau für das eine Semester bezahlt werden, in dem sie eine LV halten), und in der Anfrage bereits ein möglichst gutes "Angebot" zu geben versuchen (à la "laut meinen Mitschriften ist die Anforderung für 6 ECTS, zusätzlich eine 25-seitige Arbeit zu schreiben, was ich daher gerne nachholen möchte. Mein Wunschthema wäre..."), sodass der/die Lehrende im Idealfall quasi nur noch "Ja" antworten muss.
Alles Gute!